Com controle de projetos compartilhado pelos acionistas, a GNA mantém estrutura acionária robusta e que engloba empresas líderes em suas áreas de atuação: Prumo Logística, Siemens Energy, bp e SPIC Brasil. A partir desse modelo, a estrutura de governança da companhia prevê o estabelecimento de Conselhos de Administração (CA) próprios em cada projeto, que seguem as definições dos acordos de acionistas e política específica que determina, entre outras, o dever dos membros do CA.
Dessa forma, a empresa minimiza potenciais conflitos de interesses e abusos em transações entre partes relacionadas. Além disso, desde 2021, com vistas ao aperfeiçoamento de sua governança, a GNA adota rígida gestão de riscos corporativos.